“保护母亲河工程”是“保护母亲河行动”的核心。先期规划从1999年开始，利用5年的时间，主要在黄河、长江及其它主要江河流域国家重点生态工程治理区，建设100万亩以上绿化工程。实行工程造林、项目管理。工程统一名称，即“保护母亲河工程**项目”。严格按项目科学设计，通过申报审批制确定项目。全国重点工程应在国家计划发展委员会、国家林业局确定的重点生态工程治理区，以及地方政府规划的造林绿化区内选项，由县级以上(含县级)团委、林业部门申报，经同级政府和省级“保护母亲河行动”领导机构同意，报全国“保护母亲河行动”领导小组审批。各地也可确定当地的重点工程，并由当地领导小组负责规划实施。所有项目均按工程组织实施，强化管理。同时，积极探索资助贫困农户植树，推动乡村林业发展等其它实施方式。全国重点工程采用按比例团组织资助、国家林业局等部门专项投资、工程所在地县级以上(含县级)政府匹配资金的办法，落实建设资金。地方重点工程的建设资金由各地团组织、绿委、林业、青基会与当地有关部门协调落实。各级绿委办可从公民义务植树绿化费中切块支持工程建设。